《藏海传》作为一部古装传奇剧，其故事围绕着大雍钦天监之子稚奴展开。稚奴在遭遇灭门之祸后侥幸存活，十年后他化名为“藏海”，重返京城踏上复仇之路。

俗话说，要想真正了解一个人，就得知晓他的过往，因为过去塑造了现在的他，也在一定程度上决定着他的未来。藏海所做的一切，根源都在于复仇。这其中既有恨，更饱含着爱。正是因为他对家人有着深沉的爱，所以这十年间仇恨始终难以释怀。也正是这份爱，让他最终做出了和父亲蒯铎相同的抉择——他认为癸玺这种东西绝不能在人间出现。于是，他把癸玺交给了皇帝，但却留下了三枚铜鱼。，这个选择也让他很快发现，之前认定已死的石一平并非他要找的第三人，真正的第三人依旧隐匿在暗处。随着调查的深入，他终于在大雍学宫揭开了所有真相。

曹静贤原名陆悯，曾经是大雍学宫的一名学子。当时和他一同求学的还有庄芦隐和赵秉文。陆悯和赵秉文出身寒门，而武将世家出身的庄芦隐，因父亲在战争中战败早亡，家族逐渐走向衰落。三人由于成绩出色，在大雍学宫常常遭到权贵子弟的排挤与欺凌。久而久之，他们团结在一起，相互扶持着成长，直到一场意外的发生。

某一天夜里，一名权贵子弟在与他们的争吵推搡中，不慎落水身亡。事后，身上带伤的陆悯遭到怀疑，在没有确凿证据的情况下，被处以宫刑以泄愤。但即便到了一刻，陆悯也没有出卖赵秉文和庄芦隐。从那之后，三人看清了世道的残酷，于是暗中结为盟友，约定日后在顶峰相见。陆悯失去了参加科考的资格，便入宫当差并改名为曹静贤；庄芦隐前往边境，期望能在那里立下战功；而赵秉文则顺利通过科考，踏上了仕途。

十年前，庄芦隐得到褚怀明的消息，得知蒯铎获得了癸玺。随后，他联合曹静贤和赵秉文，制造了蒯家的灭门惨案。不过，他们最终并未找到癸玺，每人只得到了一枚铜鱼。此时，三人之间还是相互信任的，但也正是从这时起，他们走上了不同的道路。

赵秉文戴着面具救下了藏海，并在暗中培养他复仇。赵秉文成长于战乱年代，年少时目睹了人间的诸多疾苦，对天下的贪官深恶痛绝。而此时的曹静贤和庄芦隐已经变成了他所厌恶的模样。所以，在得知癸玺的存在后，他便有了自己的计划。赵秉文在户部任职多年，深知国库亏空、百姓生活困苦的状况，就连京城周边都有大量流民。并非朝廷不救济百姓，而是发放下去的救济款被中间的官员层层贪污，根本到不了灾民手中。他希望得到癸玺，统领绝对服从命令、毫无感情的阴兵，用阴兵来替代天下的官员执行事务，这样就不会再出现贪污腐败的现象。赵秉文的想法十分极端，在他看来，只要能实现心中的“大同”世界，任何代价都是值得的。

庄芦隐野心勃勃，但他从未对皇位有过觊觎之心。他最看重的是庄家世代忠烈的将门传承，是平津侯百战百胜的万世名声。所以，当初中了藏海的计谋，不得不越狱发动兵变，但很快他就后悔了。，他选择死在儿子庄之行的手下，以此来成全庄之行平息兵变的功劳，为庄家换取东山再起的希望。庄芦隐渴望得到癸玺，是因为他始终忘不了自己唯一的一场战败。正是那场战败，让他险些被朝廷弃用。若不是好友曹静贤向新皇极力举荐，他恐怕再也没有重新领兵的机会。武将就是这样，无论赢过多少次，只要输一次，就可能失去所有的荣耀。他的父亲如此，他自己也是如此。想要保住荣耀，唯一的办法就是拥有一支永远不会战败的强大军队，那就是阴兵。因为只有癸玺能保证军队不败，而且不用担心会遭遇“狡兔死，走狗烹”的结局。

再看曹静贤，他和庄芦隐之间的交情，竟然被藏海轻易挑拨，最终反目成仇，这乍一看让人感到意外，但仔细想想又在情理之中。曹静贤给自己的义子义女都改姓为陆，临终前还和赵秉文做交易，希望能保他们余生平安。由此可见，身体残缺、没有后代，是他心中难以逾越的一道坎。他想要得到癸玺，并非如赵秉文为藏海分析的那样，是害怕皇帝死后失去权势，而是他妄图千秋万代统治天下。他才是三人中真正想要造反、夺取皇位的人。也正因如此，他和庄芦隐注定会成为敌人，因为庄芦隐所追求的是“忠”。所以，藏海以为是自己挑拨了他们的关系，实际上只是起到了推波助澜的作用。当癸玺再次出现时，庄芦隐和曹静贤必然会兵戎相见。

庄芦隐死后，赵秉文为庄之行求情，保住了他的性命，让他去戍守边疆。赵秉文这样做，不仅仅是想利用庄之行的仇恨，在未来对付藏海，更重要的是，他想让曹静贤觉得自己还念着旧日情谊，看重他们三人之间的感情，不忍心看到庄家断后。这也是为什么曹静贤会把陆烟和陆焚托付给赵秉文。只是他没有料到，陆烟和陆焚最终也成了赵秉文的弃子，被他利用后抛弃。

曾经一起共患难的朋友，在各自登上顶峰之后，却走向了不同的方向，这正应验了藏海当初和庄之行的对话——没有人会无缘无故对别人好，人与人之间能否携手同行，最终还是要看利益。皇帝和蒯铎也是如此，儿时他们是好友，曾经同生共死，可到还是失去了对彼此的信任。

藏海完成复仇后，决定辞去官职，远走他乡，用余生去破解癸玺的秘密，寻找彻底摧毁它的方法。而在他做出这个决定的同时，未来路上的朋友和敌人也已经注定。